R classの中身が空っぽになる現象に遭遇し、意外な所に原因があったため書いておきます。
事象
R.layout までは見つかる・・・ が
中身が main しか無い！
プロジェクトをインポートし直すと、正常にRを生成してくれる。でも3日くらい経つと、また生成してくれなくなる。（ここが原因判明まで時間がかかった理由）
この唯一あるmainというのはどうやらライブラリプロジェクトのものらしい、ということまですぐ分かった。
原因
同一のpackage名を利用したプロジェクトが混在している
同じプロジェクト内に、アプリのpackageと同一の名前を使ったライブラリが存在していました。ライブラリ側のpackageを編集すると直った。