Zip::Entry.new の後ろの方に日時を渡すのではなく、インスタンスの time= に渡すと秒がズレないようです

entry = Zip::Entry.new(zos, "foo1.txt", nil, nil, nil, nil, nil, nil, dos_time)

↓

entry = Zip::Entry.new(zos, "foo2.txt")
entry.time = dos_time

下のが検証したコードです

require "zip"
require "zip/version"
require "time"

Zip::VERSION                    # => "2.3.0"

created_at = Time.parse("2020-01-01 00:00:05") # => 2020-01-01 00:00:05 +0900
dos_time = Zip::DOSTime.from_time(created_at)  # => 2020-01-01 00:00:05 +0900

io = Zip::OutputStream.write_buffer do |zos|
  # ズレる方法
  entry = Zip::Entry.new(zos, "foo1.txt", nil, nil, nil, nil, nil, nil, dos_time)
  zos.put_next_entry(entry)

  # ズレない方法
  entry = Zip::Entry.new(zos, "foo2.txt")
  entry.time = dos_time
  zos.put_next_entry(entry)
end
File.write("foo.zip", io.string)
`unzip -o foo.zip`
puts `ls -go --full-time foo*.txt`
# >> -rw-r--r-- 1 0 2020-01-01 00:00:04.000000000 +0900 foo1.txt
# >> -rw-r--r-- 1 0 2020-01-01 00:00:05.000000000 +0900 foo2.txt

参考

rubyzipを使ってファイル圧縮する際に任意の変更日付をいれてテストしてみたら展開ファイルが1秒ズレてハマったという話。
https://qiita.com/kitaindia/items/894a3a600e0892dc0197

rubyzip でZIPを作るときに秒がズレないように日時を入れる方法

参考