WindowsでもMacでも，.jsxファイルをExtendScript Toolkitに関連付けしておくと起動できます。
その際は一行目に

#target ‘application name’

と記述しておきます。これで対象アプリケーションが立ち上がってスクリプトが実行されます。
ここに記述できるアプリケーション名は，以下のスクリプトをExtendScript Toolkitで実行すると得られます。
またはDataBrowserでapps配列を見てください。

appnames.jsx

#target 'estoolkit-4.0'
for (var i = 0; i < apps.length; i++){
    $.writeln(apps[i]);
}

ExtendScript ToolkitのJavaScript Consoleに以下のように出力されます。

fireworks-12.0
aftereffects-12.0
ame-7.0
audition-6.0
bridge-6.064
dreamweaver-13.0
estoolkit-4.0
exman-6.0
exman-7.0
flash-13.0
flashbuilder-4.5
illustrator-17.064
incopy-9.064
indesign-9.064
photoshop-70.032
prelude-2.0
premierepro-7.0
switchboard-3.064

ハイフン以降のバージョン番号まで指定する必要はなく，アプリケーション名だけでもかまいません。
スクリプトを実行する製品バージョンを限定したい場合に有効です。

関連付けたJSXファイルを実行すると，ダイアログが出現します。

これを回避するには，~/Documents/Adobe Scriptsフォルダに配置して実行します。
WindowsでもMacでも同様のフォルダがExtendScript Toolkit初回起動時に生成されます。