結論
~/.atom/config.csonのallowPendingPaneItemsをfalseにする。
私の場合はなかったので追記しました。
~/.atom/config.cson
core:
allowPendingPaneItems: false
調べたこと
allowPendingPaneItemsがtrue もしくはconfig.cson未入力だと、fuzzy-finderの検索結果に.gitignoreで指定されているファイルは表示されないみたいです。
This package also will also not show Git ignored files when the core.excludeVcsIgnoredPaths is enabled.
fuzzy-finder READMEより