結論から言うと原因はPOSTされた内容に
問答無用でトリムをかける処理をしていたことでした。
function.php
function trim_posts($value, $post_id, $field)
{
return trim($value);
}
add_filter('acf/update_value', 'trim_posts', 10, 3);
php.iniの max_input_vars 設定等も疑いましたが
保存できないのがチェックボックスのみでDBのpostmetaテーブルから
フィールド名値ともに削除されており、他のフォームは保存できることから
ソース側に原因があると思い更新系を調べてたところここに行き当たりました。
同様の処理をされている方はご注意くださいorz