元々Prettierを使ってましたが、HTMLの謎の改行に嫌気が差し、設定でも上書きできなかったのでBeautifyに乗り換えました。
ただ、Beautify は長らくアップデートが止まっており、JSのアップデートに追いついていません。
特に、VSCode上からインストールしただけだとオプショナルチェーンとnull合体演算子に含まれる ? の両側に勝手にスペースを開けられます。

// before
a ?? b;
array[0]?.func();

// after（構文エラーになる）
a ? ? b;
array[0] ? .func();

流石におかしいだろうと思い、issueを見に行ったら有りました。
Breaks optional chaining (?.) and Nullish coalescing operator (??) · Issue #401 · HookyQR/VSCodeBeautify
Update to actual js-beautify version? · Issue #346 · HookyQR/VSCodeBeautify

どうやら、Beautifyに使われている js-beautify自体のバージョンを自分の手で上げる必要があるとのこと。
調べて出てきた下記コマンドを実行

# beautify の拡張機能本体のディレクトリへ移動
$ cd ~/.vscode/extensions/hookyqr.beautify-1.5.0

# パッケージアップデートする
$ npm update

# アップデートされたか確認する（ 1.11.0 以上ならOK）
$ npm list | js-beautify
├── js-beautify@1.14.0

アップデート完了後にVSCodeを再起動（リロード）するときちんと動くようになってます。

パッケージアップデートが済んだことで大きな不満は無くなりましたが、メンテナンスが止まっていると問題も出てきやすいですね…
Prettierは今もアクティブにアップデートされ続けているので、きちんとissue出して将来的にはまた戻る方針の方が良さそうです。