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Inside Wine; windiff.exe, Visual Studio 付属の GUI diff を使う。
結論から言うと、VS 付属の windiff が、Wine でも使えます。
最初の起動と、検索は問題なく行えます。
二度目からは起動できなくなることがあります。
その場合は、regedit を起動して、windiff で検索し、レジストリの中の 「windiff フォルダ」をまるごと削除してしまいます。
すると、最初の起動と同じように起動できるようになります。