やはり2次請け、3次請けより、
プライムに近い方が年収は高い

これはビジネス上当然な結果だと思います。
どんなに2次請けや3次請けの会社で努力しても、会社自体の収益性が悪くては、なかなかそこで働くエンジニアのお給料は上げづらいのが現実です。

特にIT業界未経験の方は、最初のステップとして、2次請け、3次請けの会社でキャリアをスタートした方もいるとは思いますが、年収アップのためなら、基本的な業務経験が身に付いたら、よりプライムに近い案件を多く扱う会社への転職を検討してみるのも一つの手です。

上流工程にチャレンジできるかどうか

開発やテスト・運用保守よりも、基本設計や要件定義などの上流工程に関わっている方の方が年収は高い傾向があります。これも会社によっては、なかなか上流工程の案件にチャレンジできない会社もあります。

上司や、内勤社員、営業担当とコミュニケーションを取り、なかなか自分の会社では上流工程にチャレンジできるチャンスが無ければ、やはり転職も一つの選択肢に入れても良いのではないでしょうか。

例えばの話、Pythonをメインに開発をしているエンジニアと、COBOLをメインの言語としているエンジニアで根本的な能力差ってあるでしょうか？

（私は採用担当なので、実際にコーディングしたことはありませんが、Pythonのほうが簡単と言っているエンジニアに多く出会いました。。。）

でも結果的に言うと、COBOLエンジニアより、Pythonエンジニアの方が平均的に年収が高いのが現実です。同じ努力量ならより旬な技術に関われた方が年収は確実に上がります。
※どの技術にチャレンジするかを判断したり、情報収集する能力は必要だと思いますが。

もちろん年収だけが全てでは無いですが、置かれている環境や仕事内容によって、同じ努力をしていて、能力開発をしていても、年収の差が出てしまうのも現実的には多くあります。

定期的にキャリアの棚卸や情報収集をしながら、転職も選択肢にいれて考えてみるのも良いかもしれませんね。

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