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共発現解析(相関分析) 応用編

Last updated at Posted at 2019-08-11

#前回までの内容

  1. R初心者のための共発現解析(相関分析) イントロ編
  2. R初心者のための共発現解析(相関分析) 実践編

#目的
簡便かつ迅速に相関分析をすること。

#対象
ある程度自力でデータ処理できる方(corrrを使えば簡便かつ迅速に相関分析ができますが、その後、自分でデータ処理できなかったら宝の持ち腐れだと感じているので、ある程度自力でデータ処理ができる方といった表現になっています)。

#簡便かつ迅速に相関分析ができるスクリプト
##corrrのインストール

install.packages("corrr")

##corrrの読み込み

library(corrr)

##corrrの実装

T.data <- iris[, 1:4]
temp <- correlate(T.data)
temp <- shave(temp)
temp <- stretch(temp, na.rm=T)

#番外編:より見えやすいスクリプトを書く
参考サイト1でも使っているが、dplyrパッケージを入れているとパイプ( %>% )が使えるようになります。ちなみにパイプはctrl + shift + Mで入れることができます。
##dplyrのインストール

install.packages("dplyr")

##dplyrのインストール

library(dplyr)

##より見えやすいスクリプト

temp <- T.data %>% 
  correlate() %>% 
  shave() %>% 
  stretch(na.rm=T)

#次回の内容
共発現解析(相関分析) 応用編+α
#参考サイト
下の2つのサイトに使い方が丁寧に書かれています。

  1. https://drsimonj.svbtle.com/exploring-correlations-in-r-with-corrr
  2. https://kazutan.github.io/kazutanR/corrr_test.html
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