R初心者のための共発現解析（相関分析） 基礎編

#前回の内容
R初心者のための共発現解析（相関分析） イントロ編

#目的

• irisのデータを基に列間の相関分析を全組み合わせで算出するためのスクリプトを自動化すること

#対象

• R初心者で相関分析を自動化したい方。

#実際のスクリプト
##irisの数値データをT.dataに格納

T.data <- iris[, 1:4]

##forでcorを回す
出力結果をtempに格納

temp <- c()
i <- 1
for (i in 1:c(ncol(T.data)-1)) {
  j <- i+1
  for (j in j:ncol(T.data)) {
    temp <- c(temp, cor(T.data[, i], T.data[, j]))
    j <- j+1
  }
  i <- i+1
}

##combn関数を使って、列名を総当たりで作成
前回rep関数を使って、列名を総当たりするように誘導しましたが、combn関数を使った方がスクリプトの量を減らせ、解析時間を短縮できる。

T.name <- combn(colnames(T.data), 2)

##PCC.tableに計算結果をまとめる

PCC.table <- data.frame(source = T.name[1, ],
                        value = temp,
                        target = T.name[2, ]
)

#次回の内容
R初心者のための共発現解析（相関分析） 応用編