SharePoint の制限のページでは、リストやライブラリには最大3000万個のアイテムを含めることができる旨の記載があります。

リストには最大 3,000 万個のアイテムを含めることができ、ライブラリには最大 3,000 万個のファイルとフォルダーを含めることができます。

単一リスト/ライブラリに3000万近くのファイルを入れる要件は(恐らく)無いため事実上無視することが多いと思います。
そのためか、検証した結果や実際に発生した場合にどういった挙動を示すのか、といった情報は(軽く確認した限りでは)見当たりませんでした。
…というわけで、実際にライブラリに30000000個のアイテムを入れて、30000001個目のアイテムを入れるとどういったエラーが出るのか、というのを確かめてみました。

調査

29999999個のファイルが入ったライブラリを用意しました。

1個ファイルを置いて30000000個にしました。

最大30000000個なので、想定ではここから1ファイル置くと何かしらのエラーが起きる想定ですが…

30000001個目のファイルが置けました。

なんと31000001個もファイルが置けました。

結論

3000万個置いても直ちに影響はなさそう。