自分のアプリでカスタムキーボードを使われないように制限する

ごくまれにやりたいケースがあると思います。
UIApplicationDelegateの実装、例えばAppDelegateで以下の実装することで可能のようです。

- (BOOL)application:(UIApplication *)application shouldAllowExtensionPointIdentifier:(NSString *)extensionPointIdentifier {
    if([extensionPointIdentifier isEqualToString: UIApplicationKeyboardExtensionPointIdentifier]) {
        return NO;
    }
    return YES;
}