UIScrollViewとAutoLayoutが相性が悪いという声を聞きますが、
別にそこまで悪いとは思わないので、簡単な考え方をまとめてみます。

今回は、テストケースとして、
UIScrollView（可変）
　- 320x320のUIView（固定）
　- 320x320のUIView（固定）

という単純なケースを考えてみます。

この場合、まずstoryboard(or xib)で、次のように設定します。

画面いっぱいにUIScrollViewを配置し、Constraintsを設定します。
Constraintsは、上下左右マージン０です。
VisualFormat的には、"V:|-0-[view]-0-|", "H:|-0-[view]-0-|"となります。

次に内側のビューを２つ配置します。

作業のしやすさ的に、
ViewControllerのサイズをFreeformにして、サイズを変更しておくと良いでしょう。

その後、ルートのviewのサイズを320x640にしてピッタリ収まるようにします。

次に内側の２つのビューそれぞれに以下のようなConstraintsを設定します。

さてい、これで実行させてみると、setContentSize:の指定が無いにも関わらず、
かつコードも一行も書かずに、
見事次のようなスクロールが実現できます。

何が起きているかというと、UIScrollViewは、
「下の階層ビューがConstraintsによって一意に定まる場合、それがcontentSizeになる」

ただこれだけです。

設定手順は多少有りますが、理解してしまえば、なんてことはなく、
UIScrollViewとからめても、AutoLayoutは非常に強力な配置方法と言えます。
是非みなさん試してみてはいかがでしょうか？