ググるのがメンドウになって自作。
githubに載せるほどでもないのでメモ

～2021/07/07 コメントを受けて、編集しました(Numpy無しでもOKだったため)～

大まかな手順

ファイルの一覧を作成(#glob)
3つおきに変更した配列を取得
各ファイルを移動先にコピー(#shutil)

前提（ディレクトリ構造）

current
├─from
└─to

※ fromに複数のファイルが存在。それを間引いてtoにコピー。

ソースコード（メモ）currentでの実行を前提

import glob, shutil

# 移動元からファイル名一覧を取得（例として、 jpg画像とした）
files = glob.glob("from/*.jpg")
skipped_files = files[::3] # 例として「3つおきに取得」とした

# ファイルコピー
for f in skipped_files:
  shutil.copy(f, "to")  # 移動先をディレクトリ名だけにすると、ファイル名はそのままでコピーされる

参照 URL

globの使い方: https://www.tech-teacher.jp/blog/python-glob/
ファイルのコピー(shutil): https://qiita.com/myasu398/items/9d81c1d58816ae60db5b

メンドウだなーとか思ったけど、いざ作ったら一瞬だった
優秀なライブラリを作ってくれた先人たちに感謝。