find . -type d -name [除外するディレクトリ] -prune -o -type f -name '*.py' -print | xargs autopep8 --in-place --aggressive --aggressive

例えば仮想環境とか作って

.
├── __init__.py
├── __pycache__
├── a.py
├── b.py
├── c.py
├── d.py
└── venv
    ├── bin
    ├── include
    ├── lib
　　　　└──ここにめちゃめちゃpythonファイルある!!
    ├── pyvenv.cfg
    └── share

仮想環境下のファイルは別にフォーマットしなくてよくて、
a,b,c,d.pyだけフォーマットしたい
みたいなときに役立つコマンド

具体例としては

find . -type d -name venv -prune -o -type f -name '*.py' -print | xargs autopep8 --in-place --aggressive --aggressive