個人でRDBを作成→RからDBを操作するための手順記録

• 大変参考になった記事

0. 環境

• RDBでトータルの容量は4TB
• ワークステーションはオンライン接続可能
• 作業は1人：サーバ・クライアント構築は必要なし
• Rawデータはクラウドサーバに保存されている

1. WS選定

• WS
  プロセッサはXeonで検討, Corei9も候補に入れたがXeon
• WS周辺機器
  • NAS → 検討して中止（費用面・運用面←そもそも共有しない・RAID不要）
  • 外付けHDD (8TB ×2)

2. SQL選定

• データベース作成

  • SQLiteでDB作成

    • SQLite install
      https://www.sqlite.org/download.html

  • DB Brower for SQLiteの存在を後から知る
    https://sqlitebrowser.org/
    https://dskevin.hatenablog.com/entry/2022/02/27/120000

3. RからSQLite操作

# package install
install.packages("RSQLite");library(RSQLite)
install.packages("dplyr");library(dplyr)

# データベース接続
con <- DBI::dbConnect(RSQLite::SQLite(), dbname = "対象データベースファイル名")

# 参照したテーブル指定
my_tab <- tbl(con, "テーブル名1")
my_tab2 <- tbl(con, "テーブル名2")

my_tab %>%
head()

my_tab2 %>%
  head() %>% as.data.frame() %>% left_join( my_tab, my_tab2, by= atc) -> my_tab3

# sql言語で検索
dbGetQuery(con,"SELECT * FROM テーブル名 WHERE in ('条件');")


# sql言語で集計
dbGetQuery(con,"SELECT count(*) FROM テーブル名 WHERE atc in ('条件');")

# sql言語でjoin
dbGetQuery(con,
    "SELECT *FROM テーブル名1 INNER JOIN テーブル名2 ON ( '条件' = '条件');"
    ) %>%
    head() %>% as.data.frame() -> db_tab #確認するため先頭数行のみオブジェクト化

db_tab %>% View()

*役に立ったその他の情報

はじめてのSQLite
https://iatlex.com/linux/first_sqlite

Package ‘RSQLite’
https://cran.r-project.org/web/packages/RSQLite/RSQLite.pdf

SQLite/基本操作
https://ja.wikibooks.org/wiki/SQLite/%E5%9F%BA%E6%9C%AC%E6%93%8D%E4%BD%9C

dplyrと高速処理
http://kohske.github.io/ESTRELA/201410/index.html