結論

ディレクトリの生成は os.mkdir(path)
スクリーンショットの撮影は pyautogui.screenshot()
スクリーンショットの保存先は save("保存先")

※path指定方法

具体例

全コード

import os
import pyautogui
import time
import datetime

# 保存先path
h_path = "フォルダを保存したい先をここに記入" #例えば、Macなら /Users/"username"/Downloads/
# スクショ回数(回)
times = 3
# スクショ間隔(秒)
span = 1
# 出力フォルダ頭文字
h_foldername = "統計分析"
# 出力ファイル頭文字
h_filename = "資料"

# 出力フォルダ作成(フォルダ名：頭文字_年月日時分)
folder_name = h_foldername + "_" + str(datetime.datetime.now().strftime("%Y%m%d%H%M"))
path = h_path + folder_name
os.makedirs(path, exist_ok=True)

for i in range(times):

    # 画像に名前を付ける
    filename  = h_filename + '_{0:04d}.png'.format(i)+ "_" + str(datetime.datetime.now().strftime("%Y%m%d%H%M%S"))

    #スクリーンショットを撮る
    s = pyautogui.screenshot()

    # 保存
    s.save(folder_name + '/' + filename)

    # スクショ間隔(秒)
    time.sleep(span)

＜補足＞

画像ファイルをナンバリングする際に4桁表記にするため.format(number)を使いました。
{0:04d}'.format(number)
・ 0: 0で埋める
・04d: 4桁

例(10→0010)

number = 10
number_padded = '{0:04d}'.format(number)
print(number_padded)  # => '0010'

＜参考＞

こちら大変勉強になりました。
【Python入門】ディレクトリを簡単に作成する｜os.mkdir・os.makedirs
【Python】pyautoguiを使ってKindle書籍を自動でスクショするツールを作ってみた！