ggplotを用いた幾何平均とその信頼区間のプロット

はじめに

これは、Rに関するSlackのチーム「r-wakalang」で自分で回答した質問を記事にしたものです。
Slackが90日でアクセス不能になるため忘れそうなので、記事にしていきます。

「r-wakalang」については下記記事をご参照ください
https://qiita.com/uri/items/5583e91bb5301ed5a4ba

問題

status,scoreの2列で成り立つデータセットにおいて、横軸にA,B,C,Dを並べ縦軸にpointを蜂群図としてプロットし、おなじ図の中にscoreの幾何平均とその95%CIを入れ込みたい。

解法

## 必要な関数定義
gmean <- function(Arr) { ##幾何平均を返す
  return(exp(mean(log(Arr))))
}　

gmean_cl_normal<- function(Arr) { ##幾何平均と信頼区間を返す
  return(data.frame(
    y = gmean(Arr),
    ymin = gmean(Arr) - 1.96 * exp(sd(log(Arr))),
    ymax = gmean(Arr) + 1.96 * exp(sd(log(Arr)))
  ))
}
## データ準備
df <-tibble(
  status=c(rep("A",25),rep("B",25),rep("C",25),rep("D",25)),
  score = c(sample(seq(1,5),50,replace = TRUE),sample(seq(6,10),50,replace = TRUE))
)
## プロット
df %>%
  ggplot2::ggplot(aes(x = status, y = score)) +
  ggbeeswarm::geom_beeswarm()+
  ggplot2::stat_summary(fun = gmean, geom = "point", color = "red") +
  ggplot2::stat_summary(fun.data = gmean_cl_normal, geom = "errorbar", color = "red")

ポイント

stat_summaryで自作関数を適応することで 解決ができる。
プロットを指定するgeomによって、適応する関数の形が変わる。値が1つしか要求されないされない場合は、fun=(function)でいいが、3つ(ymin, y, and ymax)要求される場合はfunかfun.min, fun, fun.maxのどちらかを用いる。違いは下に引用する

fun.data
A function that is given the complete data and should return a data frame with variables ymin, y, and ymax.
fun.min, fun, fun.max
Alternatively, supply three individual functions that are each passed a vector of values and should return a single number.