前提理解

　前提の理解としてNode.jsはJavaScriptをローカル環境で動かすインタープリタです。ですので、Node.jsを編集するというよりはローカルで動かすJavaScriptファイルを編集しそれをNode.jsで実行するという流れです。

基本的なJSファイルの実行

基本的なNode.jsを使用する流れは以下のようになります。

1. Node.jsをインストール
2. プロジェクト作成（npm init or yarn init）
3. パッケージのインストール
4. コーディング
5. 実行（node [filename].jsで実行できます。）
   （ReactやVueなどは（create-react-appなど）プロジェクト作成コマンドを叩いたときにパッケージインストールまで済ませてくれます。）
   （yarnを使用する場合はインストールが必要です。）

Node.jsのインストール

Node.jsプロジェクトの大事なファイル「package.json」

　このファイルはプロジェクト作成時に自動で作成されるもので、パッケージインストール時にはパッケージが追記されていったり、実行コマンドをまとめておいたりできます。
https://qiita.com/righteous/items/e5448cb2e7e11ab7d477

おわり

　Node.jsは何でもできる分情報が多く混乱すると思いますが、基礎の方から固めていくと案外簡単に理解ができるので基礎の方から固めてみてください。

追加で

　VScodeでJSを編集するための拡張機能としてprettierというコードをきれいにしてくれるものがおすすめです。
　また、reactやvueなどによってもそれぞれ便利な拡張機能が存在します。もしチャレンジされる場合は調べてインストールしてみてください。
　おすすめのYouTuberはトラハックさんです。（JS学習に役立ててください。）