Mac Sierraでキーボードの入力設定が変更できるKarabiner-Elementsが、待ち望んでいたアプリケーション別のキーバインド入れ替えに対応しました。
ここでは、よく使うTerminalアプリのみで、キーボード入力を入れ替える方法を紹介します。

なお、公式でいろいろなjsonサンプルがあるため、参考にするといろいろな事ができるかと思われます。
https://pqrs.org/osx/karabiner/complex_modifications/#application_specific

Karabiner-Elements インストール方法

makeするために、 boost と、 Xcode Command Line Tools を入れる必要があります。

boost
- brew install boost
Xcode Command Line Tools
- XCodeをApple Storeから入れた後、XCodeのメニューよりインストールが出来ます。
Karabiner-Elements
- git clone https://github.com/tekezo/Karabiner-Elements.git
- make

commandとoptionを入れ替える

Terminalのみ入れ替えをするには、 $HOME/.config/karabiner/assets/complex_modifications/terminal.json ディレクトリ下に以下のjsonファイルを置きます。

$HOME/.config/karabiner/assets/complex_modifications/terminal.json

{
  "title": "ALT <=> CMD in Terminal",
  "rules": [
    {
      "description": "Swap option and command in Terminal",
      "manipulators": [
        {
          "type": "basic",
          "from": {
            "key_code": "left_option",
            "modifiers": {
              "optional": [
                "any"
              ]
            }
          },
          "to": [
            {
              "key_code": "left_command"
            }
          ],
          "conditions": [
            {
              "type": "frontmost_application_if",
              "bundle_identifiers": [
                "Terminal"
              ]
            }
          ]
        },
        {
          "type": "basic",
          "from": {
            "key_code": "left_command",
            "modifiers": {
              "optional": [
                "any"
              ]
            }
          },
          "to": [
            {
              "key_code": "left_option"
            }
          ],
          "conditions": [
            {
              "type": "frontmost_application_if",
              "bundle_identifiers": [
                "Terminal"
              ]
            }
          ]
        }
      ]
    }
  ]
}

Karabiner-Elements　に反映させたあと、[Complex Modifications]->[Rules]の下にある[Add rule]をクリックし、[Swap option and command in Terminal]の[Enable]をクリックします。

追加項目が表示されない場合はjsonファイルが反映されていない可能性があるので、Karabiner-Elementsを起動し直して下さい。

自由にキーバインドを登録する

Terminal アプリで誤爆が多かった、Cmd+f, Cmd+b, Cmd+d　を、それぞれ、 Option+f, Option+b, Option+d に入れ替えるソースを書きました。

{
  "title": "ALT <=> CMD in Terminal",
  "rules": [
    {
      "description": "Swap command [f b d] to alt [f b d] in Terminal",
      "manipulators": [
        {
          "type": "basic",
          "from": {
            "key_code": "f",
            "modifiers": {
              "mandatory": [
                "command"
              ],
              "optional": [
                "any"
              ]
            }
          },
          "to": [
            {
              "key_code": "f",
              "modifiers": [
                "left_option"
              ]
            }
          ],
          "conditions": [
            {
              "type": "frontmost_application_if",
              "bundle_identifiers": [
                "Terminal"
              ]
            }
		  ]
        },
        {
          "type": "basic",
          "from": {
            "key_code": "b",
            "modifiers": {
              "mandatory": [
                "command"
              ],
              "optional": [
                "any"
              ]
            }
          },
          "to": [
            {
              "key_code": "b",
              "modifiers": [
                "left_option"
              ]
            }
          ],
          "conditions": [
            {
              "type": "frontmost_application_if",
              "bundle_identifiers": [
                "Terminal"
              ]
            }
		  ]
        },
        {
          "type": "basic",
          "from": {
            "key_code": "d",
            "modifiers": {
              "mandatory": [
                "command"
              ],
              "optional": [
                "any"
              ]
            }
          },
          "to": [
            {
              "key_code": "d",
              "modifiers": [
                "left_option"
              ]
            }
          ],
          "conditions": [
            {
              "type": "frontmost_application_if",
              "bundle_identifiers": [
                "Terminal"
              ]
            }
		  ]
        }
      ]
    }
  ]
}