複数のUIAlertViewControllerがキューイングされたうえで同時にpresentされるようなイベントがあり、その時に表題の仕様を知らずハマりました。

##ハマった一例

.swift

    // ①イベントの例外処理等で呼ばれるアラート
    func showCancelOperationDialog() {
        
        let alertController = UIAlertController(title: "title", message: "message", preferredStyle: .alert)
        // OKアクション
        let defaultAction: UIAlertAction = UIAlertAction(title: "OK", style: .default, handler: { _ in
            
            self.moveToFirstViewController()
        })
        // キャンセルアクション
        let cancelAction: UIAlertAction = UIAlertAction(title: "キャンセル", style: .cancel, handler: nil)
        alertController.addAction(cancelAction)
        alertController.addAction(defaultAction)
        present(alertController, animated: true, completion: nil)
    }
    
    // ②特定のエラーで呼ばれるアラート
    func showExceptionErrorDialog() {
        
        let alertController = UIAlertController(title: "title", message: "message", preferredStyle: .alert)
        // OKアクション
        let defaultAction: UIAlertAction = UIAlertAction(title: "OK", style: .default, handler: nil)
        // キャンセルアクション
        let cancelAction: UIAlertAction = UIAlertAction(title: "キャンセル", style: .cancel, handler: nil)
        alertController.addAction(cancelAction)
        alertController.addAction(defaultAction)
        present(alertController, animated: true, completion: nil)
    }
    
    // 特定のViewControllerへ戻る処理
    func moveToFirstViewController() {
        
        guard let firstViewController = self.navigationController?.viewControllers.first as? FirstViewController else {
            
            return
        }
        self.navigationController?.popToViewController(firstViewController, animated: true)
    }

上記のアラート2種が同時に呼び出され、①イベントの例外処理等で呼ばれるアラート -> ②特定のエラーで呼ばれるアラートの順で実行された場合、①のOKアクションでpopToViewControllerが行われません。正確には呼び出しされているのですが表題の通り、presentで表示中はUINavigationControllerのスタックを更新できないため、画面遷移が行われません。

回避策

任意のViewControllerに遷移してからアラートを表示させるようにしました。
例外処理としての画面遷移なので遷移 -> アラート表示の順が好ましいですね。