tsdがdeprecatedになりました。
そこで型定義ファイル(*.d.ts)の管理をTypingsに移行しましょう。

tsdからtypingsへの移行

tsdからtypingsへの移行はマニュアルにあるように、たった3コマンド(ディレクトリ移動含まず)で完了します。

$ cd /path/to/project
$ rm -rf typings
$ typings init --upgrade
$ typings install

ただし、このままだとWebStormやtscが混乱します。
これはtypingsではmainとbrowserの二つをtypingsディレクトリ内に配置するため、両方を読み込むと衝突してしまうためです。

tsconfig.jsonをtypingsに対応させる

tscが混乱しないようにtsconfig.jsonのexcludeにプロパティを下記のように変更します。

{
  // いろんな設定...
  "exclude": [
     "node_modules",
     "typings/browser.d.ts", // これと
     "typings/browser",      // これを追加
     // ほかの無視したいもの...
  ]
}

WebStormの混乱を収める

同様に、WebStormでProjectツリーを表示して、typings/browserディレクトリを右クリック、
コンテキストメニューからMark Directory As -> Excluded を選択して無視するようにしましょう。