エゴサーチ（反響の確認）目的で自サイトのドメイン（例：qiita.com）などでTwitter検索することってありますよね？ 私はあります。
そのTwitterでのドメイン検索が 2016/7/1 前後から機能しなくなっているようです。
ツイッター検索でリンクが貼られているドメインとかのURLが今日からヒットしなくなってる。どんどん使いにくくなるなあ。
— 食の安全bot (@mushinavi) 2016年7月1日
数日前から Twitter でドメインを使った検索（ようはエゴサ用途）が、ゼロかそれに限りなく近い件数しか結果でてこない。
— あほむ (@ahomu) 2016年7月3日
例えば「qiita.com」で検索すると（スマホアプリ版でもWeb版でも）現状こんな感じ。
qiita.com - Twitter検索
https://twitter.com/search?q=qiita.com
正常に検索できているように見えます？
これ、あくまでも『「qiita.com」という（何らかの事情で）リンクとして機能していない文字列』や、『「qiita」と「com」の部分一致』で出てきているだけで、ドメイン検索としてこちらが期待している結果とは全く違います。
「qiita」はそれ自体がツイート内に含まれそうな単語であるためたまたま引っかかっていますが、それを除けばドメイン検索として取得できていたツイートは7月以降『0件』になってしまいました。怖すぎる…。
TweetDeckでも？
ダメ
「高度な検索」でも？
Twitterの高度な検索
https://twitter.com/search-advanced
なんかそれっぽいオプションが無いかなーと思ったんですけど、ドメイン検索的なオプションがあるわけでもなく、該当しそうなのは「次のキーワードのいずれかを含む」くらい。
で、当然その結果は上記と同じでした。
URL完全一致でも？
http://qiita.com/NorsteinBekkler/items/b2418cd5e14a52189d19 - Twitter検索
https://mobile.twitter.com/search?q=http%3A%2F%2Fqiita.com%2FNorsteinBekkler%2Fitems%2Fb2418cd5e14a52189d19
取れる！ …てそれはそうか。
スキーマを含め、特定の記事のURLを完全一致で検索する分には取得できます。
まあでも、エゴサーチするには公開している全ての記事URLを全て検索していく必要があるので、かなり面倒ですね…。
Tweet数をカウントする系のサービスがダメになる？
Twitterでドメイン検索できなくなったってやつ、力技でTweet数カウントしてるやつもダメにならない？
— タケダハチオ (@takedahachio) 2016年7月3日
良い質問ですね！
検索結果がこのような状態だと、個別の記事URLが推測できる状態でないと拾うのは困難になりますね。自サイトであれば問題ないかもしれません。
あ…、Twitter Search API でも？
…忘れてました。『API Console Tool』でお手軽に Search API を叩けるので、確認してみましょう。
API Console Tool | Twitter Developers
https://dev.twitter.com/rest/tools/console
The Search API | Twitter Developers
https://dev.twitter.com/rest/public/search
キーワードをそのまま入れると検索結果にはリツイート分も含まれてしまうので、邪魔になるようなら「qiita.com -RT」などoperatorを付けて除外しましょう。
取れる！
"text" 上は当然『t.co』だけど、"display_url" を見てくれてる。
以前と挙動は変わっていないということですね。
先ほどの「Tweet数をカウントする系のサービス」も、Search APIを利用している分には影響は無さそうです。
（2016/7/5 追記）
最近のSearch APIは古いツイートがどんどん対象外になります。従来のTwitter検索でも割と古いものが取りにくいことがありますが、APIはより顕著になる傾向がありますね。
現状、定期的に取りに行って保存しておくしか無いと思います。
サードパーティーアプリケーションの検索機能は（おおむね）大丈夫そう
Search APIは大丈夫、ということで、Search APIを利用していると思われる ついっぷる（http://twipple.jp） のWeb版やスマホアプリ版Echofonなどでドメイン検索できることを確認しました。
ついっぷるのスマホアプリ版では何故か検索できず。
実装方法によって対応はまちまちな状況のようですね。
個人的には普段純正アプリ・Webに頼っているので、いざ必要なときに使い分けるとなると面倒ですね…。
というか、そもそもこういった挙動の違いでサードパーティーアプリケーションに逃げられることをTwitter社は良しとしちゃったんでしょうか…。分からん…。
（2016/7/9 追記） 直ってる
スマホ版、「話題のツイート」は変わらないものの（これが元の仕様だったかどうかは不明）、「すべてのツイート」には出るようになってます…。今までのはバグ？ むしろ今も不安定？ アナウンスしてくれ…。
TweetDeckもちゃんと取得できてます。
（2016/7/9 追記） フォーラムに投稿があります
7/4、twittercommunity.comにrazokuloverさんによる投稿がありましたので、ついでに追記しておきます。
The difference of the results of searching from Twitter website and REST API - Developer Teatime - Twitter Developers
https://twittercommunity.com/t/the-difference-of-the-results-of-searching-from-twitter-website-and-rest-api/69846
案の定といっていいのか、公式回答は出てないですね…。