※サイトコレクションの SiteAssets フォルダ配下に custom.css ファイルを置いた場合を例に説明します。

発行機能をアクティブ化していない場合

サイトテンプレートを使用するなどの理由で、発行機能をアクティブ化しない場合は、マスターページを直接編集します。

<head runat="server">
  <!-- 以下の行を追加 -->
  <SharePoint:CssRegistration Name="<%$SPUrl:~SiteCollection/SiteAssets/custom.css%>" runat="server" />
</head>

発行機能をアクティブ化する場合

発行機能をアクティブ化している場合は、サイトの設定から指定します。

[サイトの設定] > [外観] > [マスターページ] > [代替 CSS の URL] の項目を開く。
ラジオボタンの [このサイト、およびこのサイトを継承するすべてのサイトで使用される CSS ファイルを指定する] を選択する。
共通の CSS ファイルを指定する。

参考サイト