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Rのgtsummaryで集計のデフォルトを平均（標準偏差）にする方法

Last updated at 2020-09-30Posted at 2020-09-27

2020/09/30更新
gtsummaryのバージョンが1.3.5となったため修正

質問

Rで手軽にきれいな集計表（医療統計では表１やtable1と呼ばれる）をつくるgtsummaryというパッケージがあります。

ただgtsummaryはデフォルトの集計が中央値（IQR）で、群間比較がWilcoxonの順位和検定やクラスカル・ウォリス検定とノンパラメトリックな手法となっています。

個別に平均（標準偏差）やt検定、分散分析に設定することもできますが、デフォルトにする設定はありますか？

バージョン1.3.4.9008以降で使えるtheme_gtsummary_mean_sd()で一発です。

~~記事執筆時はCRANに登録されていないのでgithubからインストールする必要があります。~~
バージョン1.3.5となりCRANに登録されました。

install.packages("gtsummary")

ライブラリでgtsummaryを読み込んだ後、'theme_gtsummary_mean_sd()'を使います。

library(gtsummary)
theme_gtsummary_mean_sd()

あとはreset_gtsummary_theme()で設定を戻すまではデフォルトが変わります。