問題
ヒエラルキー上でゲームオブジェクトを複製する際、こうなりませんか？
オブジェクトを複製すると、複製されたオブジェクトの名前は、初期設定では「オブジェクト名（番号）」となります。この命名方法を変更します。手順は下記の通りです。
ナンバリング変更手順
1.Edit→Project Settings...を押し、Project Settingsのタブを開く
2.Project SettingsのEditorからNumbering Schemeを探す
3. Numbering SchemeにあるGame Object Namingからネーミング方法を変更する
変更することが出来ました！
※変更時、既に複製してあるオブジェクトは自動でナンバリング変更しないので注意
ナンバリングには・オブジェクト名 （番号）・オブジェクト名.番号・オブジェクト名_番号の3種類ありますのでお好きなものを！
余談
・Numbering SchemeのGame Object Digitsは番号の桁数を増やす項目です。
Game Object Digits = 3
確かに001,002,003と0埋めができてますね👍
・Numbering SchemeのSpace Before Number in Asset Namesは複製した際に半角スペースを付けるか付けないかです。