直すのに半日かかりました。

原因

"Foo/_index.md" を "foo/_index.md" にリネームした後に、Gitでは "Foo/_index.md" の方でコミットが進んでしまったため、Hugoが参照する "foo/_index.md" のコミット履歴がゼロになっていました。

$ git log [ファイルパス]

で問題のファイルにコミット履歴があるか調べるといいと思います。

Git と MacOS の大文字小文字の区別するしないが原因だと思うので、下手にディレクトリの大文字小文字を変更しないようにしようと思います。