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Jupyter (旧IPython notebook)でのR環境構築 (on OS X El Capitan 10.11.3)

More than 3 years have passed since last update.

http://qiita.com/tanemaki/items/7c74b35505dc372bc9c6
こちらを拝見して、”ごにょごにょ”せずにIpython Notebook上でRを使用できるような環境を作ろうと試行錯誤した経緯です。初投稿です。

IPython Notebookは、他言語に対応したJupyterになったようです。

設定環境

MacOS X El Capitan (10.11.3)
Python (2.7.11)環境はpyenv install anaconda-2.3.0で作成されたもの
R (3.2.2)

試行錯誤

R kernel for Jupyterを読みながらMac OS Xへのデフォルトのインストール手順に従う。

TerminalでRを立ち上げ、

> install.packages(c('repr', 'IRkernel', 'IRdisplay'), repos = c('http://irkernel.github.io/', getOption('repos')))

すると
> --- このセッションで使うために、CRAN のミラーサイトを選んでください --- 

と表示されXQuartzが立ち上がるのでCRAN mirrorを選択する。
好きなmirror(Japan (Tokyo) [https]とか)を選んでOKしたが、

> ERROR: lazy loading failed for package 'IRkernel'

:persevere: インストールできなかった。
rzmqが他のバージョンで設定されているため、"BINARY"ではなく"SOURCE"を参照してインストールしなければならないらしい。
(参照;http://irkernel.github.io/installation/)

IRkernelの環境作成

私はHomebrewを使用しているのでTerminalで
$ brew install zmq
してからRを立ち上げ、

> install.packages(c('rzmq','repr','IRkernel','IRdisplay'),
                 repos = c('http://irkernel.github.io/', getOption('repos')),
                 type = 'source')

前述のように好きなCRAN mirrorを選択。インストールが終わったら

> IRkernel::installspec()

でJupyter内でRカーネルが動くように設定。> q()でRを抜けてからterminalで

$ jupyter notebook

NewにRが出れば成功。

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