定期的にググってる気がするのでメモ書き。
Rを起動して以下のコマンドを入力。
# アップデート可能な全てのパッケージをインタラクティブにアップデート。
update.packages()
# 上のコマンドでは更新するかどうかパッケージごとにきかれるが、
# "ask = FALSE" を引数に与えると、全てのパッケージを問答無用にアップデートできる。
# バイナリのパッケージがない場合はソースからコンパイルするかどうか最初にきかれたかもしれない。
update.packages(ask = FALSE)
その他のアップデート関連のコマンド。
# アップデート可能な古いパッケージをリストアップする
old.packages()
# 特定のパッケージをアップデートする際は`install.packages()`で可能。
install.packages("ggplot2")
参考