nmrglueでjeolの.jdfファイルを読めるようにする

Introduction

nmrglueはNMRデータを処理できるPythonモジュールで、たくさんのNMRを処理する際などに役立ちます。

各社のNMRのデータを読み込む関数がnmrglueに実装されていて、例えば日本でもよく見られるBrukerのファイルの読み込みは簡単にできます。

一方で、日本のNMRメーカーであるJEOLのデータ(jdfファイル)を読み込む関数は最新版には入っておらず、単にpip install nmrglueと打ってゲットできるバージョンではJEOLのファイルは読み込めません。

最近、githubにてJEOLのデータを読み込む関数が実装されたようなので、このバージョンをインストールする方法を備忘録として記します。

環境

Windows 11 Home
miniforge3 (conda 25.3.0)
Python 3.13.5
普段はmainという環境に色々入れています。

1. Gitをダウンロードする

ここからGitをダウンロードします。適当にYesを押していったらインストールされます。

Miniforge Promptでgit --versionと入力して以下のようなものが出たら勝ちです。

git version 2.51.0.windows.2

2. 仮想環境をアクティベート

Miniforge Promptを立ち上げ、nmrglueを入れたい仮想環境をアクティベートします。

conda activate main

3. pipインストール

こいつを実行します。

pip install git+https://github.com/jjhelmus/nmrglue.git@68f8ecd0dd3d8f5a1b6092a2c320e72f00bc6e42

最後の文字列はこのコミットの識別番号らしいです(Gitわからない)

色々出て最後にこういうのが出たらOKです。

...
Successfully built nmrglue
Installing collected packages: nmrglue
Successfully installed nmrglue-0.12.dev0

4. 利用例

nmrglue.jeol.read(data_dir)のような形で使えます。
make_uc関数はまだないっぽいのでng.fileio.fileiobase.unit_conversionで変換させています。

def read_nmr(filename):
    dic, fid = ng.jeol.read(filename)
    udic = ng.jeol.guess_udic(dic,fid)

    data = ng.process.proc_base.em(fid)
    data = ng.proc_base.zf_size(data, udic[0]['size']*2)    # zero fill to 65536 points
    
    uc = ng.fileio.fileiobase.unit_conversion(udic[0]['size']*2,
                                              udic[0]['complex'],
                                              udic[0]['sw'],
                                              udic[0]['obs'],
                                              udic[0]['car'])
    ppm = uc.ppm_scale()
    
    data = ng.proc_base.fft(data)               # Fourier transform
    data = ng.process.proc_autophase.autops(data, 'acme') # Phase correction
    data = ng.proc_base.di(data)                # discard the imaginaries
    data = ng.proc_base.rev(data)               # reverse the data

    return ppm, data

dic['parameters']に色々測定パラメータが入ってそうですね

Conclusion

• JEOLのデータがpythonで読めてハッピー

編集履歴

2025/10/15 データ処理の下りが怪しかったので書き換えました