下記のようなコンポーネント構成のinput valueを親コンポーネントでこんな風に取得できた。

sample.jsx

class Parent extends React.Component {
 constructor(props) {
  super(props);
  this.inputRefs = []; 
 }

 // ボタン押下処理で子要素のinput valueを全部取得したい
 clickEvent() {
   this.props.datas.forEach(function(data,index){
     this.inputRefs[index].inputA.value,
     this.inputRefs[index].inputB.value,
     this.inputRefs[index].inputC.value
   },this);    
 }

 render() {
    var childInputGroup = this.props.datas.map(function(data, index){
            return <ChildInput key={...} ref={(input) => {this.inputRefs[index] = (input)}}/>
        },this);
  
    return (
      <div>
        {childInputGroup}
      </div>
    );
  }

}

class ChildInput extends React.Component {

  render() {
    return(
      <div>        
        <input ref={(input) => {this.inputA = input}} />
        <input ref={(input) => {this.inputB = input}}/>
        <input ref={(input) => {this.inputC = input}}/>
      </div>
    );
  }

}

親コンポーネントのthis.inputRefsに、生成した子要素分の参照を入れておく。
子要素のinputにもそれぞれrefを付与しておくと、上記の形でinput valueが取れる。

map()の第2引数にthisを渡さないと、this.inputRefがundefinedになるので注意。