「ヘッダー部→メイン部→サイド部1→サイド部2→フッター部」
の順番がベターと言えます。
なので、文章構造の順番を意識して、HTMLコーディング

<body>
 <header id="header">
  ヘッダー部の中身
 </header>
 <div id="wrapper">
  <main id="main">
    メイン部の中身
  </main>
  <div id="side01">
    サイド部1の中身
  </div>
 </div>
 <div id="side02">
  サイド部2の中身
 </div>
 <footer id="footer">
  フッター部の中身
 </footer>
</body>