「ヘッダー部→メイン部→サイド部1→サイド部2→フッター部」
の順番がベターと言えます。
なので、文章構造の順番を意識して、HTMLコーディング
<body>
<header id="header">
ヘッダー部の中身
</header>
<div id="wrapper">
<main id="main">
メイン部の中身
</main>
<div id="side01">
サイド部1の中身
</div>
</div>
<div id="side02">
サイド部2の中身
</div>
<footer id="footer">
フッター部の中身
</footer>
</body>