Arduino開発環境にてタイマー割込みによりウェイクアップをやろうとしたところ、ライブラリの問題やら、IRQ重複やら案外手間取ったのでメモ。
※RTC1だと内部のタイマー関数等で使用しているIRQが重複してコンパイルエラーがでるためRTC2を使って回避するのがポイントっぽい。

Arduino IDE のインストール:

Arduino IDE をダウンロードし、インストール。
https://www.arduino.cc/en/software

Seeed XIAO nRF52840 のボード設定:

Arduino IDE の [ファイル] > [環境設定] に進み、追加のボードマネージャURLに以下のURLを追加。
https://files.seeedstudio.com/arduino/package_seeeduino_boards_index.json

[ツール] > [ボード] > [ボードマネージャ] に移動し、Seeed XIAO nRF52840 を検索してインストールして対象ボードを選択。

サンプルコード

以下、タイマー割込み時のウェイクの際にLEDを点灯させるテスト。

※当方のボードはSeeed XIAO nRF52840 Senseを使ったが無印のボード（Seeed XIAO nRF52840）でもいけるはず。

#include <Arduino.h>
#include <nrf.h>

const int ledPin = 13;
const uint32_t sleepTimeMs = 8000;

void setup() {
  pinMode(ledPin, OUTPUT);
  // Configure RTC2
  NRF_RTC2->PRESCALER = 0;                          // No prescaling (16MHz clock)
  NRF_RTC2->CC[0] = sleepTimeMs * 32.768;           // Compare value (32.768kHz clock)
  NRF_RTC2->EVTENSET = RTC_EVTENSET_COMPARE0_Msk;   // Enable COMPARE0 event
  NRF_RTC2->INTENSET = RTC_INTENSET_COMPARE0_Msk;   // Enable COMPARE0 interrupt
  NVIC_EnableIRQ(RTC2_IRQn);                        // Enable RTC2 interrupt
  NRF_RTC2->TASKS_START = 1;                        // Start RTC2
  digitalWrite(ledPin, LOW);
}

void loop() 
{
  delay(2000);
  digitalWrite(ledPin, HIGH);
  // Enter deep sleep mode
  __WFE();
  __SEV();
  __WFE();
}

extern "C" {
  void RTC2_IRQHandler() {
    if (NRF_RTC2->EVENTS_COMPARE[0] && (NRF_RTC2->INTENSET & RTC_INTENSET_COMPARE0_Msk)) {
      NRF_RTC2->EVENTS_COMPARE[0] = 0;
      NRF_RTC2->TASKS_CLEAR = 1;
      digitalWrite(ledPin, LOW);
    }
  }
}

これですっきり解決。