環境

種類	バージョン	内容
OS	Ubuntu18.04.1 LTS	Windows8.1から仮想で動かしています。 Windows10でも同様なことを確認
PyCharm	PyCharm CE 2019.1.2	Community Editionです
pyenv	1.2.11	2019/5/29時点で最新

前提

venvでこんなpy35で仮想環境を作り、tensorflow1.13.1をインストールしました。Gitインストール済みです。

python -m venv py35
source py35/bin/activate
pip install --no-cache-dir --upgrade pip
pip install tensorflow

Settings画面のナビゲーションエリアで「Project interpreter」を選択して右側の+ボタンを押します。

"Add Python Interpreter"画面のナビゲーションエリアで、「Virtualenv Environment」を選択して、「/<仮想環境名>/bin/python」を選択します。
※今回の仮想環境名は"py35"

Virtualenvを使っていないかったので、少し迷いましたがこれで大丈夫なようです。

メニューの「VCS」>「Enable Version Control Integration Dialog」から「Git」を選択。

SettingsでVersion Control -> GitでGit実行ファイルのパスが正しく設定されているかを「Test」ボタンを押して確認

SettingsでVersion Control -> GitHubでGitHubアカウントを追加。

ユーザ名とパスワードを入力してログイン。以上で設定完了です。