TL; DR

情報も少ないし複雑で分かりづらいので、ゲーム内UIでは無理にUIElements(UI Toolkit)使わないでuGUI使っていけばいいと思う。UI Toolkitでできないことはまだまだたくさんあるし。

情報源

要点

https://docs.unity3d.com/Manual/UI-system-compare.html これを見れば分かる通り、 UI Toolkit ではまだまだ Planned となっている未実装機能がたくさんあります。つまり uGUI の UI 実装をそのまま移植するのには機能が足りていません。(だからこそ uGUI と共存できる、と UI Toolkit の説明に書いてあります)

ゲーム実行時のUIというのは、(プロジェクトや文化にも依りますが)コードに沿った上品なUIの振る舞いを超えて、時々無茶な実装を求められることがあり、そういう例外的なワガママに応えようと思ったときにはどうしてもプログラム(スクリプト)であれこれいじくり回す必要が出てきます。

そういうエクストリーム実装に対してはまだまだ知見も安定性も足りてないと思うので、ゲーム中で使われるUIはまだまだuGUIで作っていくのが幸せなのかな、という感想です。

一方、エディタ拡張はそんな極端な動きを求められることは少なく、一定のパターンに沿った実装であるべきと思うので、こちらの実装はUI　Toolkit化させていくように色々学んでいくところかな、と思います。