###状況
gitで管理しているレポジトリをgithubにプッシュした際に、webhookを利用して、開発サーバーにソースをアップ（開発サーバーからpull）している。
gitpullは正常に行われているのに、開発サーバーで一部モジュール(今回は cebe/markdown)が読み込めていない。
githubを見てみると、対象のモジュールのフォルダのみがアップされていない。

###調査
Composer でPHPのモジュールをインストールした際に、モジュールにgitで管理されているモジュールが含まれていた為、submodule扱いとなり、コチラの意図通りにgit管理出来なくなってしまったとアテをつけて調査。

######試しに直接 git add してみる

$ git submodule deinit vendor/cebe/markdown/

No submodule mapping found in .gitmodules for path 'vendor/cebe/markdown'

・・・出来ない。

######サブモジュールの削除？

$ git submodule deinit vendor/cebe/markdown/

No submodule mapping found in .gitmodules for path 'vendor/cebe/markdown'

これもムリ。

######submoduleのキャッシュがあるらしい。クリアを試す。

$ git rm --cached vendor/cebe/markdown/

error: the following file has staged content different from both the
file and the HEAD:
    vendor/cebe/markdown
(use -f to force removal)

手応えあり・・？

###対策
まずは上記のエラーメッセージの導きに従い、-f　オプションを付けてみる
######git rm --cached -f

$ git rm --cached -f vendor/cebe/markdown/
rm 'vendor/cebe/markdown'

エラーなし。

######念のため submodule deinit

$ git submodule deinit vendor/cebe/markdown/

error: pathspec 'vendor/cebe/markdown/' did not match any file(s) known to git.
Did you forget to 'git add'?

git add してないよって言われる。

######git add してからやってみる

$ git add vendor/cebe/markdown/
$ git submodule deinit vendor/cebe/markdown/

一応エラーは出ない。

これで $ git status してみると、無事にaddされてる！

実際にはsubmodule化している訳ではないので、submoduleのキャッシュをクリアするのがキーだったぽい。（たぶん）