状況
gitで管理しているレポジトリをgithubにプッシュした際に、webhookを利用して、開発サーバーにソースをアップ（開発サーバーからpull）している。
gitpullは正常に行われているのに、開発サーバーで一部モジュール(今回は cebe/markdown)が読み込めていない。
githubを見てみると、対象のモジュールのフォルダのみがアップされていない。
調査
Composer でPHPのモジュールをインストールした際に、モジュールにgitで管理されているモジュールが含まれていた為、submodule扱いとなり、コチラの意図通りにgit管理出来なくなってしまったとアテをつけて調査。
試しに直接 git add してみる
$ git submodule deinit vendor/cebe/markdown/
No submodule mapping found in .gitmodules for path 'vendor/cebe/markdown'
・・・出来ない。
サブモジュールの削除？
$ git submodule deinit vendor/cebe/markdown/
No submodule mapping found in .gitmodules for path 'vendor/cebe/markdown'
これもムリ。
submoduleのキャッシュがあるらしい。クリアを試す。
$ git rm --cached vendor/cebe/markdown/
error: the following file has staged content different from both the
file and the HEAD:
vendor/cebe/markdown
(use -f to force removal)
手応えあり・・？
対策
まずは上記のエラーメッセージの導きに従い、-f オプションを付けてみる
git rm --cached -f
$ git rm --cached -f vendor/cebe/markdown/
rm 'vendor/cebe/markdown'
エラーなし。
念のため submodule deinit
$ git submodule deinit vendor/cebe/markdown/
error: pathspec 'vendor/cebe/markdown/' did not match any file(s) known to git.
Did you forget to 'git add'?
git add してないよって言われる。
git add してからやってみる
$ git add vendor/cebe/markdown/
$ git submodule deinit vendor/cebe/markdown/
一応エラーは出ない。
これで $ git status してみると、無事にaddされてる！
実際にはsubmodule化している訳ではないので、submoduleのキャッシュをクリアするのがキーだったぽい。（たぶん）