TL;DR

2021/09現在で、独自ドメインを経由する方法は2通り（3つ目は2つ目の変わり種なので...）ありそうです。

さくらのウェブアクセラレータを利用する
独自ドメインを終端できるリバースプロキシを建てる
独自ドメインを終端できるWebサーバを建てリダイレクトする

さくらのウェブアクセラレータを利用する場合

さくらのクラウドにログインして、https://secure.sakura.ad.jp/webaccel/#/regist にて独自ドメインを設定できます。

オリジン（ウェブアクセラレータの接続先）やオブジェクトストレージにアクセスするためのアクセスキー・シークレットキーが必要になるので、予めさくらのクラウド＞オブジェクトストレージにて作成しておきましょう。

独自ドメインを終端できるリバースプロキシを建てる場合

どうしてもウェブアクセラレータを使いたくない（使えない）理由がある場合、独自ドメインを終端するnginx等のリバースプロキシを建てることで解決できます。

以下では、nginxを用いて独自ドメインでpublic readなオブジェクトにアクセスする方法を示します。

オリジンとなるオブジェクトストレージのオブジェクトをpublic readに設定し、nginxの設定ファイル(ここでは default.conf という名前で作成しています)

server {
    listen       443;
    ssl on;
    ssl_certificate ssl.mydomain.com.pem; # 独自ドメインの証明書
    ssl_certificate_key ssl.mydomain.com.key; # 独自ドメインの証明書の秘密鍵

    server_name  localhost;

    #access_log  /var/log/nginx/host.access.log  main;

    location / {
        proxy_pass https://my-bucket.s3.isk01.sakurastorage.jp; # my-bucketは自分のバケット名
    }

    error_page   500 502 503 504  /50x.html;
    location = /50x.html {
        root   /usr/share/nginx/html;
    }
}

これを nginxサーバの/etc/nginx/conf.d/以下に配置し、nginxサーバ内で

systemctl start nginx

を叩けば、独自ドメインで公開済みオブジェクトにアクセス可能です。
リバースプロキシ先の名前解決ができない場合は、必要に応じてdnsmasqなどをインストールして下さい。

手元のマシンで確認したい場合は、default.confがあるディレクトリにて、

docker run --rm -p 80:80 -v $(pwd)/default.conf:/etc/nginx/conf.d/default.conf bradjonesllc/nginx-dnsmasq

を実行すれば、

curl localhost:80/公開済みオブジェクト名

という感じでアクセスし確かめることができます。

独自ドメインを終端できるWebサーバを建てリダイレクトする場合

前述のリバースプロキシしたものをリダイレクト方式に変えたものになります。

server {
    listen       443;
    ssl on;
    ssl_certificate ssl.mydomain.com.pem; # 独自ドメインの証明書
    ssl_certificate_key ssl.mydomain.com.key; # 独自ドメインの証明書の秘密鍵

    server_name  localhost;
    return       301 https://my-bucket.s3.isk01.sakurastorage.jp$request_uri; # my-bucketは自分のバケット名

    #access_log  /var/log/nginx/host.access.log  main;

    location / {
        root   /usr/share/nginx/html;
        index  index.html index.htm;
    }

    error_page   500 502 503 504  /50x.html;
    location = /50x.html {
        root   /usr/share/nginx/html;
    }
}

こちらはリダイレクトなので、dnsmasqなどは不要で

docker run --rm -p 80:80 -v $(pwd)/default.conf:/etc/nginx/conf.d/default.conf nginx