分子描画ソフトウェアのPyMOLには公式のバイナリ（Incentive ver.）を利用してインストールしたものと、Schrödinger, Inc.のGitHubに置かれているオープンソース版を使ってインストールしたものの2種類があります。
機能は95％くらい同一になるよう設定されているようですが、公式のバイナリ版の方が少し機能が拡張されている代わりに、その機能を使うためには有料またはEducationalのライセンスを取得するよう促してくる形になっています。

普段使いする分にはオープンソース版を使う（Windows版： https://qiita.com/Ag_smith/items/a9670bfd79fb3bf39975; macOS/Linux版: https://qiita.com/Ag_smith/items/58e917710c4eddab46ee）と良いのですが、少々気になるのが見た目の問題です。

macOS版の場合、公式バイナリ版（Educational licenseを使用）はこんな感じ

オープンソース版はこんな感じ

上1/3のExternal GUI部分の見た目がこのように違っています。

この外観は、実は簡単に変更することができます。macOSでバイナリ版の場合は/Applications/PyMOL.app/Contents/share/pymol/data/pmg_qt/styles/pymol.styに、オープンソース版の場合は$(brew --prefix)/opt/pymol/libexec/lib/python3.13/site-packages/pymol/pymol_path/data/pmg_qt/styles/pymol.styというファイルで規定されています。

オープンソース版のpymol.styファイルを開いてみると

#builder QPushButton
{
    padding:        1px 3px;
}

QPushButton[quickbutton=true]
{
    padding:        1px 5px;
}

QMainWindow::separator
{
    width:          5px;
    height:         5px;
    border:         none;
}

/* vi:ft=css:expandtab:sw=4
 */

という内容になっていますが、バイナリ版のそれは結構色々書き込まれています（ここでは内容を紹介しません）。

ということで、オープンソース版のpymol.styの中身をバイナリ版のpymol.styファイルの中身で上書きすることで、バイナリ版の外観に近付けることができます。以下はmacOSでのコマンドの例です。（$(brew --prefix)を使うことでHomebrewのインストール場所を自動検知しています）

cp /Applications/PyMOL.app/Contents/share/pymol/data/pmg_qt/styles/pymol.sty $(brew --prefix)/opt/pymol/libexec/lib/python3.13/site-packages/pymol/pymol_path/data/pmg_qt/styles/

このコマンドを実行し、pymolを再起動してみた結果がこちら。

External GUIの外観がバイナリ版のそれにかなり近づきました。macOSのダークモードを適用していない状態でExternal GUIのメッセージログが黒背景に白文字になっているところがポイントです。
Windows, Linux版でも同様に該当するpymol.styファイルを探し出して編集すれば同様の効果が期待されます。

pymol.styファイル自体はcssの文法に従っているところが大きいみたいなので（正確にはQt5のスタイルシート）、これを読めばさらに外観を変更することができます。