rbenvで複数のrubyバージョンが存在する時に、bundle installを行うと、以下のエラーが発生。
can't find gem bundler (>= 0.a) with executable bundle (Gem::GemNotFoundException)
該当するrubyのバージョンを再インストールするも状況は改善されず。
いろいろと探した結果、bundlerのバージョンとGemfile.lock側のbundlerのバージョンが異なることで発生していたようなので、
$ gem install bundler -v 該当バージョン
これで、バージョンの相違を解消してあげればOK。