結論から言いますとフィルタが使えます…！

という感じになります。

例によって、実際に動くデモは http://tottori.2574.jp で公開しています。またソースコードも https://github.com/mh61503891/2574 に公開しています

ここから詳細です。

Mapbox GL JSでは無くて、Mapbox JSを使う場合はLeafletがJeoJSON内のpropertiesにあるmarker-colorを見てマーカーに色を自動的につけてくれる（Load GeoJSON | Mapbox）のですが、Mapbox GL JSの場合はそうはいかないみたいで、Mapbox GL JSのExamplesにもそれっぽいやり方が無かったので、どうしようかなと思っていたのですが、フィルタを使えばできるみたいです。

基本的には、GeoJSONSourceで大元のデータソースのインスタンスを作って、作ったデータソースを参照するレイヤにフィルタを付けてデータを拾い出したやつに色をつけると良いようです。複数の色に分けたい場合は複数のレイヤを作るみたいです。他に良い方法あるのかな…。

ソースコードの要所をピックアップします。

例えばdata.geojsonのようなGeoJSONのデータの場合、filter: ['==', '事故内容', '軽傷事故']とすれば、GeoJSONのfeatures.propertiesの中の事故内容が軽傷事故のデータだけ選んで表示してくれます。他にも比較演算子がいろいろ使えるようです。詳しくはMapbox / Style Reference / Types / Filterを参照してください。

（※今回からCoffeeSriptに書き換えました）

map = new mapboxgl.Map {
  container: 'map'
  style: 'mapbox://styles/mapbox/streets-v8'
  center: [133.842941, 35.375086] # 鳥取県の中心らへん
  zoom: 8
}

# データソースのインスタンス
source = new mapboxgl.GeoJSONSource {data: 'data.geojson'}

map.on 'style.load', ->
  # ここからバッチ処理
  map.batch (batch) ->
    map.addSource('markers', source)
    map.addLayer {
      source: 'markers'
      id: 'markers-a'
      type: 'circle'
      paint: {
        'circle-radius': 8
        'circle-color': '#DBC300'
      }
      filter: ['==', '事故内容', '軽傷事故']
    }
    map.addLayer {
      source: 'markers'
      id: 'markers-b'
      type: 'circle'
      paint: {
        'circle-radius': 8
        'circle-color': '#FF9807'
      }
      filter: ['==', '事故内容', '重傷事故']
    }
    map.addLayer {
      source: 'markers'
      id: 'markers-c'
      type: 'circle'
      paint: {
        'circle-radius': 8
        'circle-color': '#FD3E00'
      }
      filter: ['==', '事故内容', '死亡事故']
    }

それで、このフィルタが使えるっぽいことが分かったきっかけは、Mapbox Studioを使ってみて、設計からしてそうなってそうだという推察ですね。雰囲気大事です。