qiita よりもはてなブログとかの方が向いているような話ですが、
さくらのレンタルサーバのディレクトリ構造への言及。

公式で調べる

FTPクライアントで接続すると・・・

/home/ にアクセスすると、同居人が見えてしまう（もちろんアクセス不可）
/home/アカウント名/ （ユーザごとのホームディレクトリ）にアクセスすると、wwwやlogなどのディレクトリが存在する。

/home/アカウント名/www が公開ディレクトリ。

したがって。　アカウント名.sakura.ne.jp で、公開ディレクトリのルートに接続する。

バックアップデータを転送するような処理では

/home/アカウント名/backup　などの、Web上に公開していない領域に保存する。

BackWpupなどでのディレクトリ指定も同様。