qiita よりもはてなブログとかの方が向いているような話ですが、
さくらのレンタルサーバのディレクトリ構造への言及。
公式で調べる
FTPクライアントで接続すると・・・
/home/ にアクセスすると、同居人が見えてしまう（もちろんアクセス不可）
/home/アカウント名/ （ユーザごとのホームディレクトリ）にアクセスすると、wwwやlogなどのディレクトリが存在する。
/home/アカウント名/www が公開ディレクトリ。
したがって。 アカウント名.sakura.ne.jp で、公開ディレクトリのルートに接続する。
バックアップデータを転送するような処理では
/home/アカウント名/backup などの、Web上に公開していない領域に保存する。
BackWpupなどでのディレクトリ指定も同様。