Qt DesignerのMapLayerComboBoxにフィルターを設定するとエラーになるバグ？の解消法について、受け売りですが共有します。
方法
Qt Designerでフィルターをかけるのではなく
plugin名.pyに以下コードを追加してください。
プラグイン名.py
from qgis.core import QgsMapLayerProxyModel
def run(self):
#この場合はラインレイヤのみ表示
self.dlg.mMapLayerComboBox.setFilters(QgsMapLayerProxyModel.LineLayer)
プラグインを使った際のみ適用される為、エラーが発生しないみたいです。