MacOSXには標準でZIPファイルの圧縮機能がありますが、対象フォルダを一度でも Finder で開いていると .DS_Store ファイルができるため、このまま圧縮すると他OSユーザに渡すときに残念なことになります。
.DS_Store を含めないで圧縮するには、コマンドラインで以下のようにします。
$ zip -r hogehoge.zip * -x *.DS_Store
この場合 .DS_Store をのぞくカレントフォルダの全ファイル・フォルダを hogehoge.zip に圧縮しています。