本記事、2021年に書いたものであるが、2022年9月時点、Ubuntuにて試したところ、Rと共存させた環境にてmatplotlibが競合を起こしてインストールできない、という事態になりました。
従いまして、成功事例と失敗事例両方記載することになりました。
結論としましては、
2022年9月時点でpythonは3.10シリーズを使うな！
になります。
その後、R Studioの最新版が出されても、Anaconda Navigatorで管理されていないバージョンであればアップデートできないこともわかりました。
これでは、セキュリティなどの面においても不安が残りますので、更なる結論としては、Anaconda NavigatorでR Studioを使わない方がよいになりました。
R Studioは、Anacondaからではなく、別途インストーラーをダウンロードしてインストールすることをお勧めします。
1．成功事例2021年：検証環境
・OS：Windows10 10.0.19041
・Anaconda3：2021.05(Python 3.8.8 64-bit)
1-1．失敗例
Jupyter Notebookを起動するとRStudioのインストールパネルがある。
私も最初はこれでインストールを行った。
しかし、これでインストールすると何が起きるかというと、NotebookでRを選択しようとするときに、Rの選択肢が出てこない。
もちろん、RStudioというものはインストールされるが、NotebookではRを使うことができない。
1-2．NotebookでRを使えるようにする手順
１．新env作成開始
左のEnvironments→Createをクリックして、新環境を作成する
２．PythonもRも選ぶ
Create New Environmentダイアログが表示されるので、
・Name:適当な名称を入れる
・Packages
→Pythonにチェックを入れ、使いたいPythonのバージョンを選ぶ
→Rにチェックを入れる
・Createボタンをクリック
３．待機と承認
Createボタン押下後、ご存知の方はわかると思うが、かなり待ちます。
また、途中で、Pythonがアクセスしていいか、という許可を求めるUACの画面が出て来るので、OKを押す
※この表示があまりにも長く何も変わらない上、HDDアクセスランプも反応していないようであれば、一度Anacondaを落として再起動する
４．Notebook起動
インストールが終わったら、環境を手順２で設定した名称に切り替えて、Notebookを起動する
５．R動作確認
NewよりRを選んでNotebookを起動し、Rが動作するか確認する
※右上のロゴが「R」になり、noteのコードにもRのコマンドを入れて動作するか確認
６．Python動作確認
同様にいつのもPythonのNoteも起動して、Pythonが動作することも確認
７．動作確認用note終了
R・Python両方を上書き保存して、閉じ、フォルダ画面にて、両方のNoteを選んでShutdown
画面右上のQuitを押した後ブラウザを閉じる
※尚、RStudioについては、更に別環境を別途新規作成せねばならない
2．失敗事例2022年：検証環境
・OS：Ubuntu 22.04
・Anaconda：2.2.0(Python 3.9.12)
2-1．起きた事象その１
PythonとR両方使える環境を構築し、matplotlibをインストールしようとしたら長時間conflictチェックが入りインストール不可となった。
2-2．起きた事象その２
2022年9月時点でmatplotlibがPython3.10.4に対応していなさそうなことが判明し、バージョンを3.9.13に落としたが、やはりmatplotlibとRの相性が悪いらしく、matplotlibのインストールができなかった。
※実はRを削除した環境であれば、Python3.10.4でも無事にmatplotlibがインストールできました。
2-3．実施したこと
1．既存の環境を削除し、再度新環境を作り直し
2．numpy、pandas、matplotlibなどを次々にインストール
ここまではうまくいきました
3．rのパッケージをインストール
ここで再度conflictチェックが長く走りインストールできず
2-4．妥協策1トライ目
Python環境とRは共存不可、という結論になり、環境を分けることにした。試しにmatplotlibはpython3.10.4でも無事にインストールできました。
しかし、scikit-imageとOpenCVはインストールできませんでしたので、再度環境を削除し、Pythonのバージョンを3.9.13にして再作成を強いられました。
2-5．妥協策2トライ目
Pythonのバージョンを3.9.13にして環境を再作成しました。
最初にscikit-imageをインストールしたら無事成功。
OpenCVも自動でインストールされ、matplotlibを含めた、残りのメジャーどころのパッケージは全て入りました。
以上