webpack.mix.jsで下記のディレクトリ配置にしてnpm dev buildしてみる
ソース
/www/src/app.js
出力
/www/public/js/app.js
mix.setPublicPath.js('app.js', '../public/js')
✔ Compiled Successfully in 17215ms
/public/js/app.js
と表示されるも/www/public/js/はからっぽ...
検索していると下記のgithub issueを発見
Unable to mix output .js file to the parent directory
https://github.com/JeffreyWay/laravel-mix/issues/1220
mix.setPublicPath('../').js('app.js', 'public/js')
として設定すると無事希望通りのディレクトリに出力された