常識かもしれないが備忘録まで。
301を302にしたら普通に動作しました。
example.com(ベーシック認証)からesempio.com(ベーシック認証)にリンククリックで遷移させる。
esempio.comがアクセスを受けたらhtaccessなりhttpd.confなりで特定のページへ301リダイレクトさせる。
こういったフローだった場合、example.comのリンクで新規ウィンドウが立ち上がったあと全く反応がない状態になる。この現象はiOS7.1.2で間違いなく発生するのだが、iOS9.3になるとなぜか発生したりしなかったり・・・詳しい原因は不明。
いずれにせよ302ですべて解決。
時間あるときにゆっくり調べよう・・・。