環境

XUbuntu 18.04

$ uname -a
Linux example 4.18.0-16-generic #17~18.04.1-Ubuntu SMP Tue Feb 12 13:35:51 UTC 2019 x86_64 x86_64 x86_64 GNU/Linux

$ cat /etc/os-release 
NAME="Ubuntu"
VERSION="18.04.6 LTS (Bionic Beaver)"
ID=ubuntu
ID_LIKE=debian
PRETTY_NAME="Ubuntu 18.04.6 LTS"
VERSION_ID="18.04"
HOME_URL="https://www.ubuntu.com/"
SUPPORT_URL="https://help.ubuntu.com/"
BUG_REPORT_URL="https://bugs.launchpad.net/ubuntu/"
PRIVACY_POLICY_URL="https://www.ubuntu.com/legal/terms-and-policies/privacy-policy"
VERSION_CODENAME=bionic
UBUNTU_CODENAME=bionic

`apt upgrade`でエラーが発生

apt upgradeを実行したら、「未解決の依存関係です」というエラーが発生しました。

$ sudo apt upgrade
パッケージリストを読み込んでいます... 完了
依存関係ツリーを作成しています                
状態情報を読み取っています... 完了
これらを直すためには 'apt --fix-broken install' を実行する必要があるかもしれません。
以下のパッケージには満たせない依存関係があります:
 python3.9 : 依存: libpython3.9-stdlib (= 3.9.13-1+bionic1) しかし、3.9.12-1+bionic1 はインストールされています
 python3.9-minimal : 依存: libpython3.9-minimal (= 3.9.13-1+bionic1) しかし、3.9.12-1+bionic1 はインストールされています
E: 未解決の依存関係です。'apt --fix-broken install' を実行してみてください (または解法を明示してください)。

エラーメッセージに書いてある通りapt --fix-broken installを実行しても、エラーは解決しませんでした。

$ sudo apt --fix-broken install
パッケージリストを読み込んでいます... 完了
依存関係ツリーを作成しています                
状態情報を読み取っています... 完了
依存関係を解決しています ... 完了
以下の追加パッケージがインストールされます:
  libpython3.9-minimal libpython3.9-stdlib
以下のパッケージはアップグレードされます:
  libpython3.9-minimal libpython3.9-stdlib
アップグレード: 2 個、新規インストール: 0 個、削除: 0 個、保留: 89 個。
45 個のパッケージが完全にインストールまたは削除されていません。
2,485 kB 中 0 B のアーカイブを取得する必要があります。
この操作後に追加で 25.6 kB のディスク容量が消費されます。
続行しますか? [Y/n] Y
(データベースを読み込んでいます ... 現在 181070 個のファイルとディレクトリがインストールされています。)
.../libpython3.9-stdlib_3.9.13-1+bionic1_amd64.deb を展開する準備をしています ...
libpython3.9-stdlib:amd64 (3.9.13-1+bionic1) で (3.9.12-1+bionic1 に) 上書き展開しています ...
dpkg: アーカイブ /var/cache/apt/archives/libpython3.9-stdlib_3.9.13-1+bionic1_amd64.deb の処理中にエラーが発生しました (--unpack):
 '/usr/lib/python3.9/_sysconfigdata__linux_x86_64-linux-gnu.py' を上書きしようとしています。これはパッケージ libpython3.9-minimal:amd64 3.9.12-1+bionic1 にも存在します
.../libpython3.9-minimal_3.9.13-1+bionic1_amd64.deb を展開する準備をしています ...
libpython3.9-minimal:amd64 (3.9.13-1+bionic1) で (3.9.12-1+bionic1 に) 上書き展開しています ...
dpkg: アーカイブ /var/cache/apt/archives/libpython3.9-minimal_3.9.13-1+bionic1_amd64.deb の処理中にエラーが発生しました (--unpack):
 '/usr/lib/python3.9/typing.py' を上書きしようとしています。これはパッケージ libpython3.9-stdlib:amd64 3.9.12-1+bionic1 にも存在します
dpkg-deb: エラー: ペースト subprocess was killed by signal (Broken pipe)
処理中にエラーが発生しました:
 /var/cache/apt/archives/libpython3.9-stdlib_3.9.13-1+bionic1_amd64.deb
 /var/cache/apt/archives/libpython3.9-minimal_3.9.13-1+bionic1_amd64.deb
E: Sub-process /usr/bin/dpkg returned an error code (1)

libpython3.9-minimal, libpython3.9-stdlib のバージョン"3.9.13-1+bionic1"をインストールしようとしているのですが、すでにバージョン"3.9.12-1+bionic1"のパッケージが存在するため、インストールに失敗しているようです。

現状把握

関係するパッケージの詳細を確認します。

インストールされているPython3.9関係のパッケージ

vagrant@example:~$ apt list *python3.9* --installed
一覧表示... 完了
libpython3.9-minimal/now 3.9.12-1+bionic1 amd64 [インストール済み、3.9.13-1+bionic1 にアップグレード可]
libpython3.9-stdlib/now 3.9.12-1+bionic1 amd64 [インストール済み、3.9.13-1+bionic1 にアップグレード可]
python3.9/bionic,now 3.9.13-1+bionic1 amd64 [インストール済み]
python3.9-minimal/bionic,now 3.9.13-1+bionic1 amd64 [インストール済み、自動]

vagrant@example:~$ dpkg -l |grep python3.9
ii  libpython3.9-minimal:amd64             3.9.12-1+bionic1                          amd64        Minimal subset of the Python language (version 3.9)
ii  libpython3.9-stdlib:amd64              3.9.12-1+bionic1                          amd64        Interactive high-level object-oriented language (standard library, version 3.9)
iU  python3.9                              3.9.13-1+bionic1                          amd64        Interactive high-level object-oriented language (version 3.9)
iU  python3.9-minimal                      3.9.13-1+bionic1                          amd64        Minimal subset of the Python language (version 3.9)

"python3.9", "python3.9-minimal"のバージョンは"3.9.13-1+bionic1"なのに対して、"libpython3.9-minimal", "libpython3.9-stdlib"のバージョンは"3.9.12-1+bionic1"でした。

Python3.9関係のパッケージの詳細

vagrant@example:~$ apt show python3.9 python3.9-minimal
Package: python3.9
Version: 3.9.13-1+bionic1
Priority: optional
Section: python
Maintainer: Matthias Klose <doko@debian.org>
Installed-Size: 581 kB
Depends: python3.9-minimal (= 3.9.13-1+bionic1), libpython3.9-stdlib (= 3.9.13-1+bionic1), mime-support
Suggests: python3.9-venv, binutils
Download-Size: 492 kB
APT-Manual-Installed: yes
APT-Sources: http://ppa.launchpad.net/deadsnakes/ppa/ubuntu bionic/main amd64 Packages
Description: Interactive high-level object-oriented language (version 3.9)
 Python is a high-level, interactive, object-oriented language. Its 3.9 version
 includes an extensive class library with lots of goodies for
 network programming, system administration, sounds and graphics.

Package: python3.9-minimal
Version: 3.9.13-1+bionic1
Priority: optional
Section: python
Source: python3.9
Maintainer: Matthias Klose <doko@debian.org>
Installed-Size: 5,532 kB
Pre-Depends: libc6 (>= 2.27)
Depends: libpython3.9-minimal (= 3.9.13-1+bionic1), libexpat1 (>= 2.1~beta3), zlib1g (>= 1:1.2.0)
Recommends: python3.9
Suggests: binfmt-support
Conflicts: binfmt-support (<< 1.1.2)
Cnf-Visible-Pkgname: python3.9
Download-Size: 1,937 kB
APT-Manual-Installed: no
APT-Sources: http://ppa.launchpad.net/deadsnakes/ppa/ubuntu bionic/main amd64 Packages
Description: Minimal subset of the Python language (version 3.9)
 This package contains the interpreter and some essential modules.  It can
 be used in the boot process for some basic tasks.
 See /usr/share/doc/python3.9-minimal/README.Debian for a list of the modules
 contained in this package.

$ apt show libpython3.9-minimal -a
Package: libpython3.9-minimal
Version: 3.9.13-1+bionic1
Priority: optional
Section: python
Source: python3.9
Maintainer: Matthias Klose <doko@debian.org>
Installed-Size: 5,089 kB
Depends: libc6 (>= 2.4), libssl1.1 (>= 1.1.1)
Recommends: libpython3.9-stdlib
Conflicts: binfmt-support (<< 1.1.2)
Download-Size: 805 kB
APT-Sources: http://ppa.launchpad.net/deadsnakes/ppa/ubuntu bionic/main amd64 Packages
Description: Minimal subset of the Python language (version 3.9)
 This package contains some essential modules. It is normally not
 used on it's own, but as a dependency of python3.9-minimal.

Package: libpython3.9-minimal
Version: 3.9.12-1+bionic1
Status: install ok installed
Priority: optional
Section: python
Source: python3.9
Maintainer: Matthias Klose <doko@debian.org>
Installed-Size: 5,007 kB
Depends: libc6 (>= 2.4), libssl1.1 (>= 1.1.1)
Recommends: libpython3.9-stdlib
Conflicts: binfmt-support (<< 1.1.2)
Download-Size: 不明
APT-Manual-Installed: no
APT-Sources: /var/lib/dpkg/status
Description: Minimal subset of the Python language (version 3.9)
 This package contains some essential modules. It is normally not
 used on it's own, but as a dependency of python3.9-minimal.

vagrant@example:~$ apt show libpython3.9-stdlib  -a
Package: libpython3.9-stdlib
Version: 3.9.13-1+bionic1
Priority: optional
Section: python
Source: python3.9
Maintainer: Matthias Klose <doko@debian.org>
Installed-Size: 7,899 kB
Depends: libpython3.9-minimal (= 3.9.13-1+bionic1), mime-support, tzdata, libbz2-1.0, libc6 (>= 2.15), libdb5.3, libffi6 (>= 3.0.10~rc8), liblzma5 (>= 5.1.1alpha+20120614), libmpdec2, libncursesw5 (>= 6), libreadline7 (>= 7.0~beta), libsqlite3-0 (>= 3.7.15), libtinfo5 (>= 6)
Recommends: ca-certificates
Download-Size: 1,679 kB
APT-Sources: http://ppa.launchpad.net/deadsnakes/ppa/ubuntu bionic/main amd64 Packages
Description: Interactive high-level object-oriented language (standard library, version 3.9)
 Python is a high-level, interactive, object-oriented language. Its 3.9 version
 includes an extensive class library with lots of goodies for
 network programming, system administration, sounds and graphics.
 .
 This package contains Python 3.9's standard library. It is normally not
 used on its own, but as a dependency of python3.9.

Package: libpython3.9-stdlib
Version: 3.9.12-1+bionic1
Status: install ok installed
Priority: optional
Section: python
Source: python3.9
Maintainer: Matthias Klose <doko@debian.org>
Installed-Size: 7,955 kB
Depends: libpython3.9-minimal (= 3.9.12-1+bionic1), mime-support, tzdata, libbz2-1.0, libc6 (>= 2.15), libdb5.3, libffi6 (>= 3.0.10~rc8), liblzma5 (>= 5.1.1alpha+20120614), libmpdec2, libncursesw5 (>= 6), libreadline7 (>= 7.0~beta), libsqlite3-0 (>= 3.7.15), libtinfo5 (>= 6)
Recommends: ca-certificates
Download-Size: 不明
APT-Manual-Installed: no
APT-Sources: /var/lib/dpkg/status
Description: Interactive high-level object-oriented language (standard library, version 3.9)
 Python is a high-level, interactive, object-oriented language. Its 3.9 version
 includes an extensive class library with lots of goodies for
 network programming, system administration, sounds and graphics.
 .
 This package contains Python 3.9's standard library. It is normally not
 used on its own, but as a dependency of python3.9.

"APT Sources"にはhttp://ppa.launchpad.net/deadsnakes/ppa/ubuntuと表示されているので、
deadsnake PPAを使っているようです。

なぜdeadsnake PPAを追加したのかは覚えていませんが、たぶんUbuntu18.04でPython3.9を利用したかったのかもしれません。

現在Pythonのバージョン管理はpyenvで行っているので、Python3.9のパッケージは不要です。
したがって、Python3.9に関するパッケージを削除して、対応することにしました。

解決方法

依存パッケージの確認

Python3.9に関するパッケージを削除する前に、依存しているパッケージが存在しないことを確認します。

vagrant@example:~$ apt rdepends python3.9 python3.9-minimal
python3.9
Reverse Depends:
  依存: libpython3.9-testsuite (>= 3.9.13-1+bionic1)
  依存: python3.9-venv (= 3.9.13-1+bionic1)
  依存: python3.9-tk
  推奨: python3.9-minimal
  依存: python3.9-gdbm
  依存: python3.9-full (= 3.9.13-1+bionic1)
  依存: python3.9-examples (>= 3.9.13-1+bionic1)
  提案: python3.9-doc
  依存: python3.9-dev (= 3.9.13-1+bionic1)
  依存: python3.9-dbg (= 3.9.13-1+bionic1)
  依存: idle-python3.9
  拡張: idle-python3.9
python3.9-minimal
Reverse Depends:
  依存: python3.9 (= 3.9.13-1+bionic1)

$ apt rdepends libpython3.9-minimal libpython3.9-stdlib
libpython3.9-minimal
Reverse Depends:
  依存: libpython3.9-stdlib (= 3.9.12-1+bionic1)
  依存: libpython3.9-stdlib (= 3.9.13-1+bionic1)
  依存: python3.9-minimal (= 3.9.13-1+bionic1)
libpython3.9-stdlib
Reverse Depends:
  依存: libpython3.9 (= 3.9.13-1+bionic1)
  推奨: libpython3.9-minimal
  依存: python3.9 (= 3.9.13-1+bionic1)
  推奨: libpython3.9-minimal
  依存: libpython3.9-dev (= 3.9.13-1+bionic1)
  依存: libpython3.9-dbg (= 3.9.13-1+bionic1)

パッケージの削除

Python3.9関係のパッケージを削除します。

$ sudo apt remove python3.9 python3.9-minimal

# libpython3.9-minimal, libpython3.9-stdlib の削除
$ sudo apt autoremove

deadsnake PPAの削除

deadsnake PPAは使っていないので、削除します。

# 登録されているPPAの一覧
$ ls /etc/apt/sources.list.d/ -l
合計 68
-rw-r--r-- 1 root root 319 10月 13  2021 caddy-stable.list
-rw-r--r-- 1 root root 319 10月 13  2021 caddy-stable.list.save
-rw-r--r-- 1 root root 132 10月 13  2021 deadsnakes-ubuntu-ppa-bionic.list
-rw-r--r-- 1 root root 132 10月 13  2021 deadsnakes-ubuntu-ppa-bionic.list.save
-rw-r--r-- 1 root root 128 10月 13  2021 git-core-ubuntu-ppa-bionic.list
-rw-r--r-- 1 root root 128 10月 13  2021 git-core-ubuntu-ppa-bionic.list.save
-rw-r--r-- 1 root root 121 10月 13  2021 github-cli.list
-rw-r--r-- 1 root root 121 10月 13  2021 github-cli.list.save
-rw-r--r-- 1 root root 189 10月 13  2021 google-chrome.list
-rw-r--r-- 1 root root 189 10月 13  2021 google-chrome.list.save
-rw-r--r-- 1 root root 156 10月 13  2021 longsleep-ubuntu-golang-backports-bionic.list
-rw-r--r-- 1 root root 204 10月 13  2021 nodesource.list
-rw-r--r-- 1 root root 204 10月 13  2021 nodesource.list.save
-rw-r--r-- 1 root root 403 10月 13  2021 nvidia-docker.list
-rw-r--r-- 1 root root 403 10月 13  2021 nvidia-docker.list.save
-rw-r--r-- 1 root root 203 10月 13  2021 vscode.list
-rw-r--r-- 1 root root 203 10月 13  2021 vscode.list.save

$ sudo add-apt-repository --remove ppa:deadsnakes/ppa

再度`apt upgrade`を実行する

$ sudo apt update
$ sudo apt upgrade

無事、エラーはなくなりました。

まとめ

Ubuntuに、新しいPythonパッケージをインストールしない

補足

Pythonパッケージの依存パッケージ

Ubuntuに最初からインストールされているPython3.6パッケージは、"gedit"などPython以外のパッケージから依存されています。
Pythonパッケージを変更する際は、依存パッケージを確認しましょう。

$ apt rdepends python3.6
python3.6
Reverse Depends:
  依存: libpython3.6-testsuite (>= 3.6.9-1~18.04ubuntu1.7)
  依存: virtualbox
  依存: virtualbox
  依存: python3.6-venv (= 3.6.9-1~18.04ubuntu1.7)
  拡張: idle-python3.6
  依存: idle-python3.6
  推奨: python3.6-minimal
  提案: python3.6-doc
  依存: python3.6-dev (= 3.6.9-1~18.04ubuntu1.7)
  依存: python3.6-dbg (= 3.6.9-1~18.04ubuntu1.7)
  依存: python3-uno
  依存: python3-all
  依存: python3 (>= 3.6.7-1~)
  依存: python3 (>= 3.6.5-2~)
  依存: gedit
  依存: virtualbox
  依存: python3.6-venv (= 3.6.5-3)
  依存: python3-escript-mpi
  依存: python3-escript
  依存: python3-dbus-tests
  依存: pitivi
  依存: liferea
  依存: kdevelop-python
  拡張: idle-python3.6
  依存: idle-python3.6
  依存: rhythmbox-plugins
  推奨: python3.6-minimal
  提案: python3.6-doc
  依存: python3.6-dev (= 3.6.5-3)
  依存: python3.6-dbg (= 3.6.5-3)
  依存: python3-uno
  依存: python3-all
  依存: libpython3.6-testsuite (>= 3.6.5-3)
  依存: cluster-glue
  依存: gedit